Το όνομά του, όπως αναφέρει ο Επ. Σταματιάδης, το πήρε απ’ το κοκκάρι που παράγονταν παλιά εκεί, ο ίδιος γράφει ότι σε παλιά έγγραφα, αναφερόταν με το όνομα Κροκάρι, που και τα δυο έχουν την ίδια σημασία. Ο Νικ. Δημητρίου στο έργο του «Λαογραφία της Σάμου» παραδέχεται ότι το όνομα Κοκκάρι, είναι κυριώνυμο και το πήρε απ’ τον πρώτο οικιστή, που είχε αυτό το επώνυμο κι’ αυτό φαίνεται να είναι το πιο πιθανό, γιατί κοκκάρι παρήγαγαν σ’ όλα τα χωριά που καλλιεργούσαν κρομμύδια και δεν περίμεναν απ’ το Κοκκάρι.